Rafy koralowe są podwodnymi skałami, których górna część może wystawać ponad powierzchnię morza. Występują jedynie w ciepłych morzach i oceanach, których temperatura utrzymuje się powyżej 18 ° C, dosięgają głębokości, do których docierają promienie słoneczne, a więc im bardziej przejrzysta woda, tym mają lepsze warunki do rozwoju. Tworzą je szkielety organizmów rafotwórczych, a bogactwo życia tworzy niesamowicie piękne ekosystemy tworzone przez różnego rodzaju organizmy. Niestety, nadmierne zanieczyszczenia wód, kłusownictwo, bezmyślne niszczenie przez turystów, czy niszczenie raf przez łodzie, przyczyniło się do znacznego zaniku raf w wielu rejonach świata. Z badań biologów morskich wynika, że ponad 1/4 raf koralowych na świecie została już zniszczona. A ponieważ rafa odtwarza się bardzo długo, stąd realne zagrożenie jej całkowitą zagładą.
Kłusownictwo
Jedną z ulubionych pamiątek przywożoną z egzotycznych krajów są właśnie kawałki raf koralowych. Pomimo, że prawo międzynarodowe zabrania handlowaniem i przewożeniem przez granicę elementów raf, proceder ten jest wciąż bardzo popularny. Oprócz pozyskiwania tej pamiątki na własną rękę, w wielu miejscach świata można kupić fragmenty raf na wielkich straganach, co daje poczucie legalności. Jednakże łupienie raf nie jest główną przyczyną ich niszczenia. Wiele rybaków, nielegalnie pozyskujących ryby, nie przejmuje się skutkami swoich metod połowów. W Indonezji stosuje się bomby w postaci butelek po coca coli wypełnionych nawozem mineralnym i naftą, które palą się pod wodą. Kilka takich bomb rzuconych do wody jedna po drugiej, zabija wszystkie ryby w promieniu kilkunastu metrów. Rybak kłusownik nurkuje, wyławiając jedynie większe okazy, które łatwiej sprzedać, resztę ryb pozostawiając na żer rekinom i ptactwu morskiemu. Niestety skutki tej grabieży nie są obojętne na rafy, które w wyniku wybuchów zostają zniszczone. I koło się zamyka, bowiem koralowce są podstawą ogromnego ekosystemu, dającego między innymi miejsce bytowania ogromnej liczbie gatunków ryb – niszcząc więc koralowce rybacy/kłusownicy pozbywają się źródła dochodu i skazują tym samym wiele społeczności na głód.
Inną, również niszczycielską metodą połowów jest wykorzystanie trutek z cyjankiem. Wielkie statki z Hongkongu oraz Tajwanu zaopatrują poławiaczy w kompresory zwane „hookah„, które dostarczają nurkom powietrza, aby dłużej mogli przebywać pod wodą. Rybak ściga rybę, która chroni się na rafie – w tym momencie rybak rozpyla w jej stronę roztwór cyjanku potasu z elastycznej butelki, po czym łomem rozłupuje koral, by wyciągnąć zdobycz. Ryba nie jest martwa, jedynie oszołomiona trucizną. Wielkie statki mogące przewozić tysiące ton żywych ryb, doprowadziły w latach 80. XX wieku niemal do całkowitej zagłady ryb koralowych w wodach Tajwanu i Filipin.
Działalność ludzka
Działalność ludzka ma niestety ogromny wpływ na obumieranie raf koralowych. Zanieczyszczanie wód ściekami komunalnymi i przemysłowymi, wycieki ropy naftowej. Erozja gleby na lądzie i dewastacja lasów namorzynowych na wybrzeżu powodują zwiększenie się zamulenia wód przybrzeżnych, przez co polipy pozbawione światła słonecznego obumierają. Wzrost turystyki podwodnej ma również niemałe znaczenie. Należy tu wspomnieć o bezmyślnym wandalizmie, jakim jest odłupywanie kawałków rafy „na pamiątkę”, wzrost zanieczyszczenia i zamulenia wód okalających rafy, a także niszczenie raf przez różnego rodzaju motorówki, skutery wodne i inne mechaniczne i niemechaniczne urządzenia wodne. W końcu pogłębianie dna na szlakach morskich bezpowrotnie powoduje destrukcję koralowców.
Globalne ocieplenie
Wiemy już, że koralowce do rozwoju potrzebują ciepła i dużej ilości promieniowania słonecznego. Wydawałoby się więc, że ocieplenie klimatu powinno wpłynąć na ich bujny rozkwit. Tak niestety nie jest. Tzw. wybielanie polega na tym, że w wyniku wzrostu temperatury wody powyżej pewnego poziomu, polipy koralowca pozbywają się porastających je glony, które dostarczały im odpowiednią ilość tlenu i cukrów, jak również zdobiły je bajecznymi kolorami. W ten sposób koralowce powoli obumierają, a ekosystemy im towarzyszące przestają istnieć.

Pozyskiwanie wapienia rafowego
W niektórych rejonach świata, np w Indonezji, spora część raf koralowych jest niszczona na rzecz wykorzystywania wapienia rafowego na fundamenty.
Rozgwiazdy
Naturalnym zagrożeniem dla koralowców są rozgwiazdy. Te piękne szkarłupnie pożerają korale, pozostawiając nagi szkielet, który wkrótce się rozpada. Organizmy te uważane są za szkodniki, bowiem atakują koralowce, ale również jadalne przez człowieka małże i ostrygi. Niestety destrukcyjna działalność człowieka pomogła rozgwiazdom w otrzymaniu sprzyjających warunków rozwoju. Przez wzrost zanieczyszczenia środowiska morskiego, człowiek doprowadził do wymierania wielkich ślimaków morskich – trytonów, naturalnych wrogów rozgwiazd. Już w 1966 roku rozgwiazdy zwane koronami cierniowymi pojawiły się w okolicy Wielkiej Rafy Koralowej, niszcząc ją w tempie 80 km rocznie.

RATUNEK
Rezerwaty
W celu ochrony tych niesamowitych ekosystemów, obecnie ponad 40 raf koralowych zostało objęte ochroną rezerwatową. Wszystkie gatunki koralowców rafotwórczych chronione są Konwencją Waszyngtońską CITES, co oznacza, że każdy kto zostanie złapany na przewożeniu koralowców przez granicę jednego ze 180 państw będących stronami Konwencji, będzie wezwany do zapłaty niemałej kary lub nawet pozbawiony wolności.

Zaangażowanie lokalnych społeczności
W końcu wielu rybaków przekonało się, że ich działania przynoszą więcej szkód niż zysków, a ryby znikają bezpowrotnie. Organizacje zajmujące się ochroną zasobów morskich zaproponowało rybakom łowienie ryb na linkę i haczyk przy platformach zbudowanych do łowienia ryb. Konstrukcja jest bardzo prosta: duże, bambusowe platformy z bambusa zakotwiczono na wodach o głębokości od półtora do dwóch kilometrów. Na spodniej stronie platformy bujnie rozwijają się glony i inne mikroorganizmy, co przyciąga ryby. Jak się okazało ten prosty i ekologiczny sposób przynosi rybakom większe zyski niż gdy stosowali bomby lub trutki z cyjankiem.
Na wyspach okalających rafy prowadzi się akcje uświadamiające społeczności o zagrożeniach jakie wynikają z kłusownictwa i niszczenia raf koralowych. Dla dzieci organizowane są objazdowe przedstawienia kukiełkowe.
Część rybaków prowadzi hodowlę zarodową, uzyskując zapłodnioną ikrę do wylęgarni. Wyszkolona rodzina mogła by prowadzić taką hodowlę na niewielkich platformach hodowlanych, uzyskując nawet 6 ton ryb rocznie, co dało by jej przychód w tysiącach dolarów rocznie. Niestety duża część społeczności wyspiarskich tkwi w zakorzenionych tradycjach kłusowniczych, woli otrzymać haracz od wielkich statków poławiających, za kilka godzin pracy. Stąd w wielu miejscach, zwłaszcza w obrębach rezerwatów dochodzi do nieprzyjemnych konfrontacji, kiedy obrońcy rafy muszą opuścić swoje stanowiska, w obliczu kłusowników posiadających broń automatyczną i koktajle „Mołotowa”. Wydaje się więc, że najprostszym sposobem uratowania raf jest przekonanie mieszkańców tysięcy nadmorskich wiosek, że ochrona przyrody leży w ich interesie.